기후환경요금의 가장 큰 문제는 기후정책의 기본 원칙인 ‘오염자 부담의 원칙’을 위배하고 있다는 점이다. 기후환경요금이 부과되는 원인은 발전사가 화석연료를 사용하여 온실가스 배출 기준치를 초과했기 때문이다. 이 초과분에 대한 비용(REC 및 배출권 구매비)을 발전사가 책임지지 않고, 한국전력을 거쳐 사용자에게 전가하고 있는 것이다. 발전사는 사용자가 비용을 보전해주니 굳이 막대한 자금을 들여 탄소를 줄여야 할 필요성을 느끼지 못하게 되고 저탄소 설비에 투자할 이유가 없다.